2000-2005 : Le renouveau Le retour de Guy Roux sur le banc avant un nouveau départ en 2005, une génération de joueurs très prometteuse et deux nouvelles Coupe de France marquent ce nouveau chapitre. De retour sur le banc après une année de retrait, Guy Roux va conduire les Cissé, Mexès, Kapo, Boumsong... vers le succès. Il en profite au passage pour battre le record du nombre de matchs dirigés en première division puis à égaler le nombre de victoires en coupe de France avec un 4ème trophée gagné en 2005. C'est sur ce succès qu'il décide de quitter son poste d'entraîneur. Jacques Santini prend sa suite pour une seule saison avant de laisser sa place à Jean Fernandez.

1996-2000 : Une perte de vitesse Cette période est très contrastée. Au niveau des réussites, l'AJA va participer pour la première fois à la Ligue des Champions (élimination en 1/4 de finale à nouveau par Dortmund) et va voir trois de ses joueurs sacrés champ [...]